Zum Ende des ersten Halbjahres der 6. Klasse erhalten alle Kinder eine Schulempfehlung und bewerben sich mit ihrem Zeugnis und dieser Empfehlung an weiterführenden Schulen.

Seit August 2004 können SchülerInnen bis zum mittleren Schulabschluss ("MSA") (am Ende der 10. Klasse) an der Freien Schule Pankow bleiben.